民国时期，军阀混战，大小军阀几乎个个拥兵自重。倘若在真正的民主宪政下，黎元洪也许是一位有德行的政治家，但在唯凭武力加铁腕手段才能“摆平天下”的时代，黎元洪再有品德也只能沦为滑稽的政治配角。他三任副总统，两任大总统，终归“位至尊而无权，人至微而言轻”。

在北京没有军权，也没有嫡系军队的大总统黎元洪，与“武昌首义”被逼出来当鄂军都督时一个窝囊样儿，什么事情都做不了主。在同段祺瑞的一系列纷争接连失败后，于1917年5月23日，终于挺起了腰杆子，一改往日唯唯诺诺的柔弱作风，果断下令免除了段祺瑞国务总理与陆军总长的职务。依据是，段祺瑞秘密与日本签订1亿元军事借款，其在国会所做“中日之间绝无秘密外交”的证词被揭穿。

是什么让黎元洪有这么大胆子撤了段祺瑞的国务总理与陆军总长的职务？

原来，黎元洪背后有了一位北洋军的实力派给他撑腰，此人就是大名鼎鼎的“辫子大帅”、驻扎徐州的长江巡阅使张勋。民国已经走到第六个年头了，张勋依然统领着58个营，共计两万多名辫子军将士。张勋看到黎元洪屡受段祺瑞的欺压，便向他伸出橄榄枝，借进京“调停”之名，窃行复辟之实。张勋亲率5000精锐辫子兵开赴京城。

1917年6月30日晚，张勋潜入清宫召开“御前会议”。当夜，辫子军占领了交通要道以及媒介通讯部门。7月1日凌晨，在康有为、王士珍等保皇派的簇拥下，张勋穿上清代的蓝纱袍、黄马褂，戴上红顶花翎，扶12岁的溥仪登基。张勋自任议政大臣、直隶总督兼北洋大臣。

黎元洪做梦也没想到搬来的救星原来是灾星，他急忙签署了由副总统冯国璋代理大总统职务的手谕以示罪己，并以大局为重，重新任命段祺瑞为国务总理并令他调遣军队讨伐张勋。

段祺瑞未雨绸缪，驻扎天津的北洋军嫡系部队早已枕戈待旦。此时，他立即组成“讨逆军”，并自任总司令，于天津马厂誓师，公布张勋八大罪状，带兵5万余人进军北京，讨伐张勋。

7月8日，段祺瑞通过外交使节转致张勋，提出停战条件四项：（一）取消帝制；（二）解除辫子军武装；（三）保全张勋生命；（四）维持清室优待条件。19日双方谈判破裂。段祺瑞决心讨伐张勋，战火重燃。

张勋拥清帝复辟之前，段祺瑞已有所闻。张勋召集第四次徐州会议时，下野在天津的段祺瑞派亲信曾毓隽去参加会议。曾和张勋的谋士说，让张勋慎重考虑，如果做了违背共和的事，段祺瑞会第一个站出来抵抗。当时张勋的谋士“一再否认”，以哄骗段祺瑞。

12日，讨逆军攻入北京。据说全北京城的百姓都爬上城墙观看双方打仗，而这场战斗创下了世界军事史的奇观，“辫子军”一触即溃，整个战斗只死了几个人。得知大势已去，张勋仓皇逃入荷兰使馆。重做皇帝没几天的溥仪，得知复辟失败吓得放声大哭，急忙颁布了退位诏书，为时12天的复辟闹剧就这样结束了。

段祺瑞赶走张勋后，恢复共和政府，以“三造共和国”元勋的身份重掌政权。黎元洪自知理亏辞去大总统职务，冯国璋代理总统，段祺瑞自为国务总理兼陆军总长。

清末民初，中国社会正处于一个动荡的时期，上层统治阶级人物思想逐步分化，段祺瑞的思想也在这个历史时期发生了转变，他主张共和，坚决反对帝制，并勇敢地付诸于行动。袁世凯恢复帝制和张勋拥清复辟的失败，主要是全国强烈反对的结果。但作为北洋军阀集团中地位仅次于袁世凯的重要人物，段祺瑞能够首先站出来主张共和，能够对其主子袁世凯恢复帝制采取不合作行动，能够起兵讨伐拥清帝复辟的张勋，在当时的影响是不可忽视的。

段祺瑞为人严肃刻板，不苟言笑，生活朴素，清廉如水，一生无积蓄、房产，不抽、不喝、不嫖、不赌、不贪、不占，人称“六不总理”。他一生注重立德立品，是民国初众多具有德行的官员里的佼佼者。同时，他还具有非凡的组织才能，善于利用政治和军事手腕维护自己的统治。

在“三一八”惨案后，段祺瑞赶到事发现场面对死者长跪不起，发誓终生吃素，并将吃素功德回向给这些死者。在他病重时，医生建议他开荤以增强体质，他表示：“人可死，但荤绝不可开。”终于，他为坚守自己的信仰而从容离世。

段祺瑞一生与共和联系最为密切，为了中国走向共和付出了艰辛的努力，他曾四次发电逼迫清帝退位，三番五次奉劝袁世凯放弃称帝打算并以行动抵抗，后以武力赶走张勋。段祺瑞以实际行动倡导共和、维护共和，这一点足以使他名存中华民族青史。