秦时明月里除了各诸侯国及其培养的暗杀组织之外，最引人注目的就是诸子百家的势力构成。与正统历史不同的是，在秦时明月这部动画里的诸子百家除了各自学术思想不同之外，玄机科技也赋予了他们不同的武力值加成。墨家的机关术，阴阳家的咒术，兵家的战术等等。每一方都有代表人物。
纵横家
这个应该是人数最少的门派，历代鬼谷先生一生只收两名弟子，一个是纵一个是横，两人之间的胜者，就能成为新一任的鬼谷子。代表武功名叫纵横剑术，盖聂主要修炼的是纵剑，卫庄主要修炼的是横剑。
墨家
墨家始创于墨子，历代掌门都称为“墨家巨子”。精于武艺者称为“墨侠”，奉守“兼爱，非攻”的要旨，擅长机关构造之术。拥有当世绝学非攻机关术。
儒家
与墨家并称为当世两大显学 。然而论门下弟子的整体实力和数量而言，儒家还在墨家之上。儒家弟子在外人看来都是谦谦君子模样，由于“君子远庖厨”，日常的三餐饮食都是由庖丁开设的有间客栈来供应。但是剑击之术是儒家六艺中重要的一门修为，儒家剑法更是独门绝学。
道家
道家因为对“道”的理解不同，分裂为天宗和人宗，主张以自身修炼达到万物融合的至高境界。三才斗阵、天罡剑阵、大周天行气法等都是道家的名门绝学。
阴阳家
阴阳家脱离道家，剑走偏锋，自成一派，追求天人极限。阴阳术是其独门绝学，分为术、诀、咒、律、法五种手法。分为炼金、幻境、控心、占星、易魂五层境界。
农家
农家号称诸子百家中人数最多的门派，设有神农堂、魁隗堂、四岳堂、共工堂、蚩尤堂、烈山堂六堂。地泽二十四是一套高明精妙的武学战法，农家千锤百炼的一种强大群战之阵，最妙的一点是这套战法只要有两个人以上就可以发动，人越多威力就越强。
