虽然关于文明社会高度的能动性和关于德才兼备的最佳人选组成政府的中国神话从不能与历史现实完全相符，但是科举制度在其最佳时期确是一种使理想变为现实的卓越制度。这种神话的复活和这一制度的很大程度上的复兴表示了同治中兴的特征。

科举考试的庞大网络体系以三种方式为儒教国家尽力：科举考试选拔出聪明的深受儒家伦理思想熏陶的官吏。科举制度无疑禁锢了人们那富有创造力的自由驰骋的思想，但是它并非像对科举制经常抨击的情形一样，用无能的诗集作者来填充官僚机构。（它使士绅的注意力集中在正统学说上，而且为有才能和有抱负的人提供了正途。它通过为百姓提供当官吏的机会而赢得了百姓的支持，而官吏的权力与行动是以普遍接受的教规为依据，而不是建立于财富、出身、军事权力或者皇帝任性行为的基础之上。

科举制度在太平军起义期间已经瓦解了。荣誉头衔的官阶以及给予不先通过低级考试就参加更高一级考试的许可是基于军功或捐资。而且日益证明在主考人中所存在的越来越多的腐败现象。结果，在同治中兴之初，有两种类型的人——暴发的商人和军人在官僚队伍中滥竽充数，他们的出现正在破坏政府的整个传统体制。实际上，已经买到官职的商人根据“生意经”而非父亲般的仁慈进行统治。军官则寻求通过暴力及惩罚而不用道德的榜样力量来控制百姓。

由于在发生战争的地区里已多年未举行选拔举人的乡试了，因此，负责一个业已收复地区的官员首要行动之一便是宣布按计划重开科举考试。在1864年10月22日，从太平军起义分子手中收复南京后的两个月，曾国藩要求从北京派遣所需要的官吏去监督计划冬季举行的江苏省选拔举人的乡试。从1855年至1865年的10年间，在贵州省一直没有举行科举考试。1866年时，由于当时和平已来临，因而张亮基上奏皇上，不仅要求准许举行1866年当年的科举考试，还要举行1855至1858年长期耽误的过去的科举考试。

在瑞麟和蒋益澧结束了广东客家战争，并且重新安置了客家人后，他们像广东省“当地人”一样，被授予选拔一名年方二十的青年人参加考试的特权。左宗棠一平定陕西，他就宣布举行已过期的乡试。由于在整个帝国恢复了秩序，因此科举考试在此时的新闻中突出地显露出来。1867年蒋益澧在广州安排了给人留下深刻印象的庆祝活动，两万名候选人参加了南京举行的乡试。《汉口时报》感到吃惊的是：来自社会各个阶层的1万余人云集一处准备参加1867年举行的湖北省乡试。该报称颂科举考试为：“一个最令人钦佩和最有益的计划……打破所有观念范围，为国家和百姓提供了一种内聚力。”

地方的举子们群聚在通往北京的道路上，在为获取最高学位的京城会试中展开角逐。据估计，在那个时代，每年有两百万候选人参加某一级或另外一级别的科举考试，其中仅有1%或2%的人最终获得功名，在历年举行的地区岁考中，要从大约2000人中选拔出20名或更多的生员。每三年届时举行一次省级选拔举人的乡试，也许在正常省份的1万名候选人中选拔出100名举人。举子们在北京三年举行一次的获取贡生的会试中展开竞争，几近三分之一的人会获得成功。在通过会试的那些200—300人之间又在殿试中为最高荣誉，包括为最高学衔（状元）展开角逐。

通常情况下，中进士和状元的殿试在皇宫里举行。各省能够授予功名的限额得到稳步提高，以期在没有削弱科举制的条件下保证授予军功及捐纳者官衔的方式。地方功名的数额越多、受益者做官的机会就越多，但是要通过正途。例如：1865年按李鸿章的意旨，作为对当地百姓忠诚的奖励，在上海和宝山地区授予候补学衔的数字日益增加。类似的有，1867年在江西兴国县增加了10名生员作为对捐赠军费的人的一种奖励。

与此同时，湖南的衡州府和衡阳县分别增加了5名和3名生员，以此作为向江南水师捐资的奖赏。1872年丁宝桢要求提高浙江和广东的数额，目的在于奖赏对镇压起义做出贡献的当地商人与绅士。这种通过在一定地区立下军功和捐输所获得的奖赏显然有其弊病，因此在这些人中存在着降低考核标准以适应平庸生员的危险。虽然1868年张之洞报告了许多生员低劣的分数，一通上谕下令要更严格地控制选拔合格官吏的标准，然而，在那时最关心业已得到改善的选官制的人通常赞同限制增加名额。

熟悉中国近代许多管理机构一直存在着裙带关系和腐败现象的人发现，很难相信科举制度能够公平地加以施行。然而，根据可以得到的证据，公正诚实的程度可同当时西欧相媲美。1858年顺天乡试中舞弊败露，致使举国哗然，导致军机大臣柏葰和另外3人被处以死刑。这场巨大的轰动暗示欺诈行为是个例外现象。虽然连续发布的规劝官吏一丝不苟地遵守规章的敕令指出：务必时刻保持警惕，但是这不应反被理解为官吏们放松了警惕性。

中兴的目的不仅在于鼓吹科举考试作为获得权力与威望的惟一途径，还在于通过修改其内容而提高其实用性。此时期的政治家面临着变革的需要，他们总是能够有足够理由争辩道：一项显著的革新实际上恢复了被人忽视了的古代美德。人们普遍断言：明朝末年科举考试的命题拘于旧框框已成为明朝垮台的一个主要原因。因此恢复“古代”制度成为中兴的主要目标，因为据说这个“古代”制度强调历史及社会的实际问题。

给事中吴焯抨击了颓废的“近代”，强调正文体以培风化，要求以政府遇到的主要问题作为科举考试的主要依据。1862年4月13日的上谕批准了吴氏的建议，并规定了在即将举行的三场考试中的基本考题范围。头场，以“四书”为据，考行为之道；二场以“五经”为据，考人伦原则；三场以历史与时事为鉴，考时策。在此点上，年轻的张之洞因为在1863年的殿试中评论了太平天国起义及其他现实问题，所以军机大臣宝鋆和其他人高度赞扬了他。

1862年的上谕下令广泛讨论吴焯提出的原则。在围绕着这一问题呈递的奏折中，一名小官吏——桂文灿在1864年表现尤为突出。在桂氏看来，过多地强调在过去半个世纪里发展的形式，已经使学者几乎没时间去读经书和史书，分析当前事务及努力争当能够拯救时代的名副其实的有识之士。为了整顿局势并把注意力集中于公共事务，需要整个教育制度重点的转移。

桂氏就他所处的时代的官吏问题评论说：他们“所习非所用，所用非所习”。由于这种嘲弄源于不超出科举制度范围的建设性的自我批评，因此这种嘲弄后来经常被国内外的批评者用来抨击科举制度。那种关于在19世纪里，所有重大的历史、行政、哲学问题都排除于科举考试之外的观点，对于中兴时期来说是不正确的。下面的例子可说明这一点。1867年和1870年在武昌三年届时举行的两次乡试中所提出的问题，是有关中兴初步训练计划内容的一个很好的例子。生员们论述了经书、历史、地理，以及当前行政管理等问题。

然而，获得奖赏是凭实际知识，而不是凭分析或者判断。在更高一级的科举考试中需要更多的思考和解释。在1868年举行的殿试中，第一和第二个问题要求论述在特定的古文引文中某些字的用法。第三个问题是列出一定的书目，问询这些书是否适合于皇帝的教育。第四及第五个问题涉及对《大学》的诠释。第六个问题提出：为什么汉学和宋学在经史的一些篇章的重要性上发生了分歧？第七个问题要求对统治者的俭朴美德予以历史的解释。

如果较早期的统治者较为节俭和有才能，那么好的与坏的统治者之间除了节俭程度不同之外，还有别的差别吗？在各种不同的事例中，节俭是名副其实还是有名无实的？第八个问题是如何能消灭奢侈腐败。第九个问题要求分析周朝和汉朝的军训方法。第十个问题问为什么唐朝的府兵计划是成功的。按这个计划，男子一时为士兵，一时为农民，轮次交替。第十一个问题要求评价宋代军队的配置，当时战斗力强的军队拱卫京师、战斗力弱的部队轮扎各行省。第十二个问题直接问某部论军训历史的著作所命名的六种方法。

第十三个问题问军队怎样能用最少的开支得到最大的改善。第十四、十五及十六个问题涉及中国刑法的起源与发展。第十七个问题问怎样才能实现皇帝关于无严重罪恶发生的希望，以便无需秋季行刑。在1867年的4月至5月间，当时任江苏布政使的丁日昌举行了一场特别考试，计划从在苏州等待任命的众多捐购官衔者中剔除不合适的人选。所提出的所有问题都是有关当前行政管理方面的问题。第一试所提的问题难以找到，暂时阙如。第二试上提的两个问题是：你会提出什么样的计划去杜绝衙门中下级官吏的舞弊行为？

既然不再要求“兵勇”服役，你会提出什么建议来使他们保证得到安置，成为安分守己的臣民？在第三试上提到的两个问题是：目前尚存为数众多的候补人员，而将能授予他们的新缺却实在是少得可怜，你认为怎样才能克服这一困难？下级官吏把本应提交到知县审理的案件归由他们自己办理。你建议如何纠正这种恶行？根据外国的新闻报道，丁氏本人亲临考场，并严加控制；捐购官衔者几乎都不能通过考试。

当然，这些考试对政府官员教育的普遍问题不会提供任何一劳永逸的解决办法，甚至充其量也不过是援引前例的繁文缛节。但是这些考试在其最好的时候，毕竟产生了远别于并胜过后来所讽刺的那些无能腐儒官员。赫德在1865年呈给清政府的《局外旁观论》中指出科举制度的弊病。他承认以前的科举制度是有用的，但是科举制过分强调读书，阻碍地方官吏学习他们真正需要了解的东西。

当时江西巡抚刘坤一的反驳是中兴思想的杰出典范。在刘氏看来，读史、读经并不妨碍了解公共事务。相反，真正可悲的却是近代官吏宁肯喜欢诗文而不喜欢研究古代和近代的政治。因此，刘氏提倡朝着把科举制恢复到其古时的作用与活力的方向进行改革。显然，在短暂的同治中兴期间不可能阻止整个科举考试的衰落趋势。虽然国内起义遭到镇压，但是起义对科举制已造成的损失不能一夜之间便可挽回。

同时，随着与西方联系的日益增多，开始产生了旧学与新学问题相关的诸多疑问。据报道，1868年在包括上海在内的地区中无人为惟一候补生员的学衔展开竞争，而且其他城市也有类似的报道。在条约口岸及沿海地区正在出现一个新型的混和社会，在这一社会中，权力与地位不再是非文人学士莫属了。《北华捷报》公正地评论说：“因此，就我们已经扩大的影响而论，我们已经削弱的恰恰是中国政治制度的基础。”

凭借这种证据有时人们论到，从19世纪初叶起，像科举制度为之服务的国家一样，科举考试制度本身也逐渐衰落了。关于此点这里则认为：中兴期间为阻止这种衰落并恢复传统制度元气而做出的努力比普遍认为的要更显著，更成功。表面上似乎矛盾的是，守旧的文人学士是阻止这些努力成功的最严重障碍。曾国藩最初曾猛烈抨击对诗词和文体的过分重视。然而，在他达到事业的峰巅之际，他却好像丧失了信心，不愿强制推行遭到诸多学者反对的变革。